Капитан 3-го ранга, командир подводной лодки (ПЛ) С-7 бригады подводных лодок Краснознамённого Балтийского флота. Родился 13 июля 1909 года в городе Саратове. Окончил в Саратове школу 1-й ступени - 5 классов. Трудовую деятельность начал в 1926 году на предприятиях городов Саратова и Сталинграда.
В рядах Военно-Морского флота с 1931 года. В 1936 году окончил Военно-морское училище имени М.В. Фрунзе. Служил штурманом на подводных лодках Краснознамённого Балтийского (ПЛ Щ-313, с мая 1936 года по июнь 1937 года) и Северного флотов (Щ-401, с июня по ноябрь 1937 года).
С мая по октябрь 1938 года С.П. Лисин в рядах добровольцев-интернационалистов принимал участие в борьбе с фашистами за свободу и независимость Испанской республики: старший помощник командира ПЛ С-4 (командир Кузьмин Г.Ю.) и С-2 (командир Егоров В.А.).
В годы Великой Отечественной войны сражался на Балтике. Командир ПЛ С-7. К сентябрю 1942 года им было совершено 4 боевых похода, произведено 9 торпедных атак и потоплено 4 транспорта врага, взяты в плен капитан и матрос одного из потопленных судов. В одном из этих походов впервые произвёл обстрел из 100 мм орудия железнодорожной станции и завода на вражеской территории (в городе Нарва). За боевые заслуги Указом Президиума Верховного Совета СССР от 23 октября 1942 года экипаж был отмечен правительственными наградами, а командир представлен к званию Героя Советского Союза. Но высшие награды Родины Герой получил лишь через три года...
В 1945 году служит командиром дивизиона ПЛ в Порт-Артуре. Там же в июле 1945 года ему вручили Золотую Звезду (№ 7123) Героя Советского Союза и орден Ленина. С декабря 1947 по март 1948 года являлся заместителем начальника 3-го отделения отдела боевой подготовки 5-го ВМФ СССР на Тихом океане.
С 1948 года Сергей Прокофьевич занимался педагогической деятельностью в Военно Морских Училищах (ВМУ) в городе Ленинграде. После выхода в отставку в 1970 году, капитан 1-го ранга Лисин читал курс лекций по морской истории в ЛВИМУ имени адмирала С. О. Макарова.
Скончался 5 января 1992 года. Похоронен на Серафимовском кладбище Санкт-Петербурга.
Награжден орденами: Ленина (1942), Красного Знамени (1953), Отечественной войны 1 степени (1985), Красной Звезды и (1946) многими медалями.